寺泊水族博物館は、日本海に浮かんでいるように建てられており、八角形の純白の建物は“海に浮かぶ魚の城”のようです。館内には日本海はもとより、世界各地に生息する魚たちなどが集められ、その数は約300種10,000点になります。
　また、ダイバーによる餌付けショー、テッポウウオの餌取り射撃ショーのほか、季節によりヒトデなどの水生生物に触れるタッチプールがあります。

　1階は大水槽を中心に、熱帯や寒帯など様々な海や川で生活している生物を展示しています。
　2階は小さな置き水槽に様々な生物を展示し、大きな水槽では気付かないような生物をじっくり観察することができます。また、デンキウナギの放電実験（シミュレーション）や巨大なトドの剥製など見どころが盛りだくさんです。屋外広場に出ると、ペンギンが楽しそうに泳ぐ姿もご覧いただけます。
　3階は日本海を一望することができる展望室です。目の前には日本海、その先には佐渡島と180度の眺望をお楽しみください。